遙遠的未來，一座名為「伊甸」的城市數千年來全無人類，只有機器人存在于此。人類女嬰莎拉從沉睡狀態甦醒，打亂當代一切道理。機器人E92和A37暫居伊甸之外的一處避風港，共同撫養這個應只存在古老神話中的人類孩子。莎拉到底是誰？此外，不是說人類已亡，她又是從何而來、為何而生？加入這個特別的三人組，一起揭開真相。

時值大正十二年，東京的夜晚，那些將會出現。他們是潛藏在黑暗中，啜飲人類鮮血的吸血鬼，在更久遠的時代就隱身居住在這個世界。陸軍內部創設了第十六特務隊來管理他們，通稱「零機關」。
這個部隊是中島中將為了對抗近代化列強諸國的情報戰而創設，但眼下零機關的任務，是對應暗藏在東京的吸血鬼事件。被分配到此項工作的是──最強人類的前田義信大佐，國內等級最高的吸血鬼且機關新人栗棲秀太郎，智力是規格外的山上德一，從江戶時代就存在至今的須和（暫譯，原文スワ），喜愛未衰老大腦的瘋狂科學家竹內（暫譯，原文タケウチ）。
──以上，是零機關實行部隊的成員。
不斷增加的吸血鬼們，暗中行動的影子，神秘人工血液的存在，冷眼靜觀這些事態的是，雖然年齡超過300歲，外表卻與小孩無異的S等級吸血鬼戴夫羅特（暫譯，原文デフロット）。
零機關今日，穿梭于大正浪漫的夜晚之中。

綽號“無限”的少女美代（志田未來 配音）從不掩飾對少年日之出（花江夏樹 配音）的好感，她在一次祭典上獲得了可以變成貓的面具，并以此來接近日之出。隨著交流的深入，美代越來越陷入作為貓與日之出接觸的狀態，并最終無法變回人類，而此時，日之出也發現了自己對于美代的感情，他發現真相后，展開了幫助美代從貓變回人類的冒險……

2045年。震撼所有國家的經濟災難“全球同步默認”的發生，以及人工智能的爆發性進化，世界進入了有計劃、可持續的戰爭“戰斗”。但是，人們在日常生活中感受到AI帶來的人類滅亡的危機時，還沒有衰退的跡象——。
在經歷了內戰和紛爭，在廢墟橫亙的美洲西海岸，全身義體的機器人草剃素子和baatu們原是公安9課的成員。對于屬于對電腦犯罪和恐怖襲擊的攻擊性組織，并炫耀卓越的電腦戰斗技能的她們來說，這個時代就是這個世界的春天。在草剃率領的部隊面前，有著被稱為“后人類”的驚人智力和身體能力的存在突然出現。他們是如何誕生的，其目的是什么?在大國之間的戰略漩渦中，“攻殼機動隊”再次被組織起來——。

在天下失序、列強割據的戰亂時代，僧人祥庵將一名孤兒從中國帶到了日本。孤兒名叫仔太郎，他背負著一個驚人的秘密。與祥庵失散后，孤苦無依的仔太郎帶著愛犬飛丸前往赤池之國的萬覺寺，在途中遇見了神秘劍士“無名”。仔太郎遭到追殺，危急時刻無名救了他一命。從此兩人結伴同行。性格乖僻的浪人和緊閉心扉的少年雖然磕磕碰碰不斷，但漸漸成了好朋友。 白鸞率領的追殺組織還是抓住了仔太郎，他們開始著手籌備某種儀式。金發碧眼的劍士“羅狼”也是追殺組織中的一員，他雖然聽命行事但并不真正在意組織的目的，對他來說，尋找可以與自己匹敵的對手才是生命的意義。羅狼與無名之間的生死對決拉開了帷幕……

蝙蝠俠、小丑、哈莉·奎茵、羅賓等齊齊穿越到了日本戰國時代，小丑及他的邪惡盟友們想要更改這個國家的歷史走向，蝙蝠俠必須出面，阻止這一切。